Бегущий в лабиринте рассказывает о захватывающем путешествии подростка Томаса, который приходит в сознание в движущемся лифте, полностью лишенный воспоминаний о своем прошлом. Единственное, что остается в его памяти - собственное имя. Он попадает в сообщество таких же молодых людей, сумевших адаптироваться к жизни в изолированной зоне, окруженной гигантским каменным лабиринтом. Каждые тридцать дней лифт доставляет нового подростка, а каждую неделю привозятся необходимые припасы для выживания.
Самым загадочным и опасным элементом этого мира становятся меняющиеся каждую ночь тропы лабиринта, где обитают смертоносные механические твари. Смельчаки, известные как бегуны, ежедневно исследуют запутанные коридоры, пытаясь составить карту и отыскать путь к свободе. Когда в сообщество прибывает первая девушка Тереза, принося с собой тревожное послание, Томас решает бросить вызов установленным правилам и становится ключевой фигурой в поисках ответов на мучительные вопросы об их происхождении и предназначении.